Table 1 Oligonucleotide sequences designed to study folding of the (−lwd+ln) topology.

Guanosines in syn conformation appear in bold when determined. PRE, pre-stem residues; POS, post-stem residues; Ms, multiple species; Str, high-resolution structure determined; Top, characterization of (−lwd+ln) topology by solution NMR methods.

NamePREG1L1G2L2G3L3G4POSStatus
S036GGGGTTGGGGTTTTGGGGTGGGGTop
S141GGGGTTGGGGTTTTGGGGTTGGGGMs
2M6WGGGGTTGGGGTTTTGGGGAAGGGGStr
S069GGGGTTGGGGTTTTGGGGTTTGGGGTop
S067GGGGAAGGGGTTTTGGGGTTTGGGGTop
S064GGGGTTTGGGGTTTTGGGGAGGGGMs
5J6UGGGGTTTGGGGTTTTGGGGAAGGGGStr
S080GGGGTTTGGGGTTTTGGGGTTTGGGGTop
S066GGGGTTTTGGGGTTTTGGGGAAGGGGMs
201DGGGGTTTTGGGGTTTTGGGGTTTTGGGG(43)
230DGGGGTUTUGGGGTTTTGGGGUUTTGGGI(23)
S025GGGTTGGGTTTTGGGAGGGMs
S087GGGTTGGGTTTTGGGAAGGGMs
S089GGGTTGGGTTTTGGGTTTGGGTop
S088GGGAAGGGTTTTGGGTTTGGGTop
5J05GGGTTTGGGTTTTGGGAGGGStr
S029GGGTTTGGGTTTTGGGTGGGMs
S093TGGGTTTGGGTTTTGGGAGGGTop
S090GGGTTTGGGTTTTGGGAAGGGTop
S232GGGTTTGGGTTTTGGGTTGGGMs
S209GGGTTT(rG)GGTTTTGGGTTGGGTop
S210GGGTTTGGGTTTT(rG)GGTTGGGMs
S231GGGTTTGGGTTTTGGGTTTGGGTop
S174GGGTTTTGGGTTTTGGGTTGGGMs
S175GGGTTTTGGGTTTTGGGTTTGGGMs
S038aGGGTTTTGGGTTTTGGGTTTTGGGMs
S166GGTTGGTTTTGGTGGMs
S169GGTTGGTTTTGGTTGG*
S230AGGTTGGTTTTGGTTGGMs
S172GGTTGGTTTTGGTTTGGTop
S167GGTTTGGTTTTGGTGGTop
5J4WGGTTTGGTTTTGGTTGGStr
S205AGGTTTGGTTTTGGTTGGMs
5J4PGGTTTGGTTTTGGTTTGGStr
S168GGTTTTGGTTTTGGTGGMs
S171GGTTTTGGTTTTGGTTGGTop
2M6VGGGTTGGGTTTTGGGTGGGStr
2KF8GGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT(24)
2KKAAGGGTTAGGGTTAIGGTTAGGGT(44)

*Not (−lwd+ln). Except for 2KF8 (90 mM K+ solution pH 7) and 2KKA (95 mM K+ solution pH 7), folding was evaluated in 100 mM Na+ solution pH 6.7.